翔一、真魚、義彥和哲也仍然被風谷伸幸死亡事件困擾著，真魚到處逃避翔一，甚至令翔一覺得亞極陀力量是邪惡的，要放棄它。 翔一、真鱼、义彦和哲也仍然被风谷伸幸死亡事件困扰着，真鱼到处逃避翔一，甚至令翔一觉得阿极陀力量是邪恶的，要放弃它，卒之在和unknown战斗中主动放弃攻击，并自愿将力量交给斗真。另一方面，冰川受伤后眼睛有异常，当他与unknown战斗时，双目突然看不见东西。 翔一因真鱼不原谅他的关系，自愿将阿极陀力量交给斗真，终于斗真都将三人的阿极陀力量得到手，但三股力量在他体内作出抗拒，不被他吸收。另一方面unknown出来袭击真鱼，凉、木野和翔一合力保护真鱼，在冰川攻击的协助下，翔一的拳头打中斗真，斗真体内三股阿极陀力量乘机逃回三人体内，三人合力将unknown消灭，斗真亦伺机逃去。之后，木野因之前的伤势影响而死去。 已经个多月没有unknown再出现，大家都以为所有unknown都已经被消灭，翔一和阿凉都找到自己的新生活，与此同时一些奇怪自杀事件出现，有些人不知为何用了些特别方法自杀，而斗真也向哲也发出警告，暗示会令人类灭亡。一个男子撞破了斗真在树林中孕育风之使者被追杀，刚巧被阿凉遇上，虽然阿凉变身成矶烙使，但也不敌风之使者，被他打败。 阿凉和翔一在新工作中分别遇上两个失意的女孩，二人分别向她们作出鼓励，希望能帮助二人，可以重新振作，与此同时斗真正和风之使者进行令人类步向灭亡的行动，天蝎座星群正向地球移动，而神秘自杀事件也不断发生。一晚，阿凉再次遇上风之使者，变身矶烙使和他战斗，再次被打败，之后翔一也感应到风之使者的出现，赶到现场后变身成阿极陀与风之使者展开激斗。 干部会再开会议研究g3部队的存弃，北条透强调阿极陀可能会征服世界，而unknown可能是唯一能对付阿极陀的人，所以要保留g3部队以防万一，这次会议加入了一个似乎很有权力的新成员，白河尚纯，他也赞成北条的看法。另一方面，斗真孕育出另一个使者，地之使者，要他去对付能变成阿极陀的人类，当翔一感应到地之使者出现，赶到现场变身成阿极陀要对付他时，却让他逃去，之后却出现两个来意不善的g3-x，原来白河尚纯要以g3-x来对付阿极陀，保护unknown。阿凉和翔一在新工作中分别遇上两个失意的女孩，二人分别向她们作出鼓励，希望能帮助二人，可以重新振作，与此同时斗真正和风之使者进行令人类步向灭亡的行动，天蝎座星群正向地球移动，而神秘自杀事件也不断发生。一晚，阿凉再次遇上风之使者，变身矶烙使和他战斗，再次被打败，之后翔一也感应到风之使者的出现，赶到现场后变身成阿极陀与风之使者展开激斗。 g3-x的工作有新定位，就是要保护unknown，就让它来制衡阿极陀。当阿凉接受里莎时，也是天蝎座的里莎看见另一个自己，之后就死了！阿凉知道是地之使者所做，于是去对付它，但却不敌，被地之使者打到水中昏迷。另一方面，可奈发现自己有变成阿极陀的迹象，惊恐下要去自杀，翔一赶到，在哲也帮忙下将可奈救下，之后二人劝说可奈，希望令她打消自杀念头，这时地之使者出现，翔一立即变身成阿极陀，可奈看见这情形觉得很讶异。 冰川与小澄子夺回gtrailer，操控g3-x系统与阿极陀、矶烙使一同消灭风、地两使者，之后，阿极陀更向斗真作出攻击。当斗真给与哲也的生命快将完结时，斗真在哲也面前出现，并说不会再消灭人类和阿极陀，因为人类将会亲手消灭阿极陀，而哲也却认为人类会接受阿极陀的存在，两人订下赌约后，哲也就死掉。一年之后，各人都过着自己的新生活。 “叮！！《假面骑士agitΩ》世界完结！” “叮！开始回归《斗破苍穹》世界！！” “叮！恭喜主人完成路过任务：请主人路过《假面骑士agitΩ》世界，奖励：假面骑士agitΩ所有形态表盘、变化圆ｍ.ＩＹｉＧＵＯ.Ｎeｔ